佛教认为的灵魂和众生认为的灵魂是两回事情，众生认为的灵魂，是长恒，纯粹，主宰，能够感知的某种主体，而佛教的灵魂显然不是这样的。佛教认为众生所认为的灵魂其一是中阴身，当一个人他没有造极重的恶业，和极大的善业，比如为善为恶，或者没有修净土法门的情况下（这些情况是立即就这边断那边生了，不存在中阴这个阶段，比如阿弥陀佛的净土，你这边活着至诚心念阿弥陀佛，那边的莲花池中就有一朵莲花出现，当具备种种往生的条件之后，你在这个世界生知时至，这边离开，那边就已到极乐世界了，往生天界和地狱也是一样的情况）。中阴这个阶段之所以叫中阴是从此阴（比如我们在这个世界有人类的物质，思想，感受这样的五蕴也叫做五阴，他受下一报，或者有畜生道，欲界天，人类等新的物质，思想等新的五蕴）到彼阴叫中阴，是由不肯放弃自我，而有阿赖耶识所生的微细物质身，这个阶段还是能够对父母，对妻儿等有了知的，只不过这个阶段七天为一限（有些不到七天），最长七个周期，因为觉知心越来越弱，所以他就迫不及待的等到此世父母行淫而投胎了，投胎之后有新的净色根大脑所以有新的意识。其二众生说的灵魂，按佛教说来叫做阿赖耶识，因为他能够受纳上一世的善恶业行，而使众生在此世受不同的身形，在六道中不断的往复，但是他里面的种子不是常恒，纯粹的，因为他里面的种子随众生的所作而不断变异，只不过他的体是常恒，好比瓶子里面东西是换来换去，装的东西不同罢了。他也不是主宰的，他必然要靠外缘，靠外部的条件才能够使众生受善恶报，更何况他没有任何的主观判断好恶。灵魂的不变性，灵魂的永恒性，那是可能的吗？当然是不可能的，不要说死后没有固定的灵魂，纵然活著的时候，我们的身心也都是活在刹那不停地变了又变而变变不已之中。照这样说，佛教既不相信灵魂，那末，佛教所说六道轮回与超凡入圣的本体，究竟又是甚么呢？
这就是佛教特殊优胜的地方，既不看重自我的永久价值，却又更加地肯定了自性的升拔价值。
佛教主张‘因缘生法’‘自性本空’，佛教看物质界是因缘生法，看精神界也是因缘生法。因缘聚合即生，因缘分散即灭，大至一个星球一个天体乃至整个的宇宙，小至一茎小草一粒微尘一个原子，无一不是假藉了内因与外缘的聚集而存在，除去了因与缘的要素，一物也不可能存在，所以，从根本上看，是空无一物的。这在研究物理化学的科学家们，可以给我们正确而正面的答案。
至于精神界呢？佛教虽不承认灵魂的观念，但决不是唯物论者。佛教的精神界，是用一个‘识’字作为命名，小乘佛教只讲六个识，是以第六识作为连贯生命之流的主体，大乘佛教增加两识，共有八识，是以第八识作为连贯生命之流的主体，我们把小乘的放在一边，单介绍大乘的八识。
大乘佛教的八个识，前六识同小乘的名称一样，只是将小乘第六识的功用更加详实的分析，而分出了第七识与第八识。
实际上，八个识的主体只有一个，由于功用的划分而给了它们八个名字，因为前七识的为善为恶，都会把账目记在第八识的名下；第八识是一切业种业因的仓库，这个仓库的总管是第七识，搬进搬出是第六识，制造作业是前五识。
这样说来，第八识的功能，是在储藏，但不等于只进不出的守财奴。不断地由外面藏进去，也不断地从里面搬出来，藏进去的是行为影响心理而印入心田，称为业因或种子，搬出来的是心理促成行为而感受行为，称为业果或现行。就这样进而出，出而进，种子而现行，现行而种子，在一期生命之中是如此，转生到二期三期乃至无数期的生命中去也是如此，由现世今生的因果对流，到无数过去和未来世的因果回还，都不出于这一种子而现行与现行而种子的律则，因此而构成了生命的连贯与生死的相续。
正因为种子与现行的经常乃至刹那不息地进进出出，所以第八识的本质，也在经常乃至刹那不息地变动不已，不要说这一生的第八识的质量与前后生是不同的，即使前一念到后一念也就不同了，正由于念念生灭念念不同，我们才会有浮沉生死而至越超生死的可能。所以，第八识的存在，便是存在于这一刹那变动的业因与业果的连续之间，除了业因与业果的变动连续，也就没有第八识的本质可求；正像水的潮流，是由于水的连续而有，离了相续不断的水性，也就没有潮流可求了。佛教教人修持解脱道的目的，就是在于截断这一因果相续的生死之流，等到第八识的作用完全消失，既不藏进去什么，也不拿出来什么，那就成了空性，那在佛教称为‘转（烦恼）识成（清净）智’，不受生死的支配，而能自由于生死之中。
可见佛教的第八识，并不等于永恒的灵魂，如果迷信有个永恒的灵魂，那么超凡入圣的解脱生死，也就成为不可能了。佛教在观念上否认有灵魂，在目的上也在否定第八识，唯有否定了由烦恼无明接连而假现的第八识之后，才是彻底的解脱。不过，第八识被否定之后，并非等于没有，乃是非空非有的智体的显照，而不是无明烦恼的缠绕不清。
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