(一)我国黄檗山万福寺。黄檗山位于福建福清县西南十七公里之处，以山多檗木，故有此称。其上有乳香岩，岩间有飞瀑悬空，甚为壮观。本寺建于唐德宗贞元五年（789），原名般若堂，后改名建德禅寺，曾以禅宗道场而名闻遐迩。该寺之隆盛，于宋代达于最高峰，至元代渐趋衰微。明神宗万历四十二年（1614），蒙御赐藏经，并敕额“万福禅寺”，重建诸堂，遂得复兴。明末隐元禅师曾居于此。民国十七年（1928）因山崩，寺毁，今仅存法堂。然寺后之丘陵上，尚存黄檗宗历代僧侣之无缝墓塔，墓塔系以整块石头造成而无缝棱级层，又称卵塔。
(二)日本黄檗宗之大本山。山号黄檗山。位于日本京都府宇治市。系德川家纲为我国明代僧隐元所建者，为日本黄檗宗之根据地，颇为兴盛。寺中建筑皆采明代之规制，凡山门、天王殿、佛殿、法堂皆并列成一直线，为寺之中心，其左右另有诸堂排比一起。匾额及联柱有隐元、木庵等高僧之文字。背后山腹藏有黄檗版大藏经。 p5545
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