即根本主尊。指修行佛道所依之无始以来本有，且于出世间为最胜最尊者。或指在一堂、一寺所供奉之诸多尊像中特殊而主要者，即以其尊为本而尊崇之。又为别于在中尊左右及其周围以表中尊功德之胁侍及亲近随从之眷属等，亦称为中尊。
在印度，原供奉释迦牟尼佛像。又以归依佛、法、僧三宝之故，而称为三尊。古代印度则雕刻菩提树、金刚座、法轮、佛塔、佛足等以代替佛像。盖藉标帜显示尊形，与刻画尊形，二者之意义不同。至密教兴起后，即以字、印、形等表显佛菩萨。
一般寺院对于本尊之安置，均视其创立之目的及愿主之信仰而定，故本尊亦各有不同，如日本之法隆寺金堂、兴福寺西佛殿等供奉释迦如来，延历寺根本中堂、金刚峰寺金堂等供奉药师如来。净土宗、日本净土真宗则以阿弥陀佛为其本尊，据梁高僧传卷六载，慧远最早于庐山般若精舍安置阿弥陀佛像。而各宗派之中，亦大多有其一定之本尊。又安置本尊之堂称为本堂，并有依其本尊之称号而命名为阿弥陀堂、药师堂等名称。
密教中，以大日如来为普门本尊，其他诸佛菩萨则为一门本尊。并依修法之种类与目的之不同而各有不同之本尊。本尊大别有字、印、形等三种，且各有无相与有相之分。字者，如 （vaj）、 （hrīh）、 （hūj）等，为大日如来、阿弥陀佛、阿閦佛等之种子。印者，如观世音之莲花、辩才天之琵琶等三昧耶形。形者，指相好具足之尊形。其中，有相本尊乃指在自己之外别立本尊，为诸尊中之最尊贵者，或指自己与其结缘后长久崇敬有加之佛菩萨。无相本尊则指以自身为本尊，生来即具足功德，为世间、出世间之最上者（即唯我独尊）。密教认为佛与自己互相涉入（入我我入），成为一体之极致。故在修法上，本尊之加被力与行者之功德力互为一体，其所行之加持，称为本尊加持。又于道场观中，观想本尊之相好，称为本尊观。
净土教古来即以阿弥陀佛或弥陀三尊（阿弥陀佛与观音、势至）为本尊。日本净土真宗则于绘像、木像为本尊之外，另以名号为本尊。其名号有六字（南无阿弥陀佛）、九字（南无不可思议光如来）、十字（归命尽十方无碍光如来）等三种。莲如以为真宗较重视名号本尊，绘像次之，木像又次之。此外，真宗尚有将印度、中国、日本等诸祖先德绘于一幅者，称为光明本尊。
日本日莲宗专崇法华经，故以法华经之题目“南无妙法莲华经”为本尊，或以日莲所绘之十界劝请大曼荼罗为本尊，或以本门之释迦及本化之四菩萨相为本尊。又日莲宗称本尊、题目、戒坛为三大秘法，然本尊须定于人或法，古来即有议论。初期谓二者有异，以佛像为人本尊，以十界曼荼罗为法本尊，而以法本尊为主；日导以后则不以为本尊有不同之二种，主张以无作三身之释迦本佛为本尊，其他本尊仅是本尊之广略、木刻与绘画之不同而已。其中，木、画之本尊系依众生之性质能力等而作适宜之安排。木本尊乃为方便信行而设，故称教门本尊；而十界曼荼罗等画本尊则为便于行法而设，故称观心本尊。［六度集经卷四、大日经卷六说本尊三昧品、大日经疏卷三、卷二十、秘藏记、吾妻镜卷二十六、祖书纲要删略卷七］（参阅“普门”4986、“广略本尊”5995） p1969
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